消毒工作往往会受到各种因素和条件的影响与限制，所以在消毒之前，要根据消毒的目的、条件和环境情况等因素综合考虑，选择一种或几种切实可行的消毒方法。

　　根据病原微生物选择:由于各种微生物对消毒因子的抵抗力不同，所以要有针对性地选择消毒方法。对一般细菌繁殖体、亲脂性病毒、螺旋体、支原体、衣原体和立克次体等，可用煮沸消毒或低效消毒剂等常规消毒方法，如用洁尔灭、洗必泰等;对于结核杆菌、真菌等耐受力较强的微生物，可选择中效消毒剂与热力消毒方法;对于污染抗力很强的细菌芽孢需采用热力、辐射及高效消毒剂的方法，如过氧化物类、醛类与环氧乙烷等。另外真菌孢子对紫外线抵抗力强;季铵盐类对肠道病毒无效。

　　根据卫生防疫要求消毒在发生传染病的重点地区或患户，要根据卫生防疫要求，选择合适的消毒方法，加大消毒剂量和消毒频次，以提高消毒质量和效率。